秦始皇返回咸阳时途经吴县，乘船渡过长江。沿海岸向北到了琅邪。

方士徐巿等人到海中寻找神药，这么多年过去仍然没有找到，他们耗费了大量财物，担心受到惩罚，就骗秦始皇说：“蓬莱的神药本来是可以找到的，然而总被大鲛鱼所阻挠，所以不能到达蓬莱，希望您派一些擅长射箭的人与我同行，见到大鲛鱼就用连弩射它。”

秦始皇开始的时候未必信，但是可能他实在太想长生不死了，居然在梦里梦到与海神交战，海神长着人的相貌。秦始皇命人占卜此梦，博士说：“水神是看不到的，他以大鱼和蛟龙为征兆。现在陛下虔诚地祷告和祭祀，却梦见这样一个凶神，应当将其除掉，然后善神就能出现了。”

其实这也是这些人糊弄他，术士和博士联合起来了。于是秦始皇命令海上的人携带捕杀大鱼的器具，并且自己带上连弩等待大鱼出现时射杀它。从琅邪向北行进到荣成山，都没有遇见大鱼。到了之罘山，终于看见大鱼，射死了一条。大鱼的说法应验了，确实是有的，徐巿和博士的话还是可信的，那他们的脑袋就暂时留着吧。于是秦始皇沿海岸西行。

秦始皇到达平原津后就生病了。因为他厌恶说死，群臣没有一个人敢提到死的事情，当然也不敢提继承人的问题。后来秦始皇的病情日益加重，于是就写了一封盖有御玺的书信赐给公子扶苏说：“你回来护送我的灵柩回咸阳下葬。”这是认命了。也是在确认公子扶苏的继承人地位。

书信已经封好，放在掌管符节印玺的中车府令赵高那里，但是没有交给使者。七月丙寅日，始皇在沙丘平台去世。

丞相李斯认为皇帝是在外地去世，担心各位皇子和天下百姓会生出变故，就封锁了消息，不举办丧事。秦始皇的棺材用辒凉车运载，由原来受到宠幸的宦者在车内陪乘，按时进献饮食。百官也照常奏报政事，宦者总是从辒凉车里批准他们所奏之事。

秦始皇去世的事情只有公子胡亥、赵高、李斯和五六个亲近的宦者知道。

赵高过去曾经教胡亥学习书法和律令，胡亥私下里与他很亲近。赵高就跟公子胡亥、丞相李斯暗中商议毁掉始皇所封好的赐给公子扶苏的诏书，而谎称丞相李斯在沙丘接受秦始皇遗诏，立胡亥为太子。他们又另写了诏书赐给公子扶苏、蒙恬，列举他们的罪状，命令他们自杀。扶苏真的自杀了，蒙恬被杀。

这些事情在《李斯列传》中有记载。

赵高愿意立胡亥的原因是他能掌控胡亥，而他说动李斯的理由，是因为一朝天子一朝臣，扶苏即位后一定会重用蒙恬，这样李斯就会失掉权势，甚至可能失掉性命；而如果扶持胡亥，他就能继续保有权势富贵。

李斯动心了。然后没什么才能的胡亥就被确认为继承人。

所以说为什么各朝各代都要立太子呢，继承人的培育扶植考察是需要花时间的，而政权的顺利交接是保障国家稳定的必要。毕竟不是随便什么阿猫阿狗都干得了皇帝的差事。

众人继续前行，从井陉到达了九原。当时正值暑天，秦始皇的辒凉车散发出腐臭的气味，李斯以诏书命令随行官员每车载一石咸鱼，用来混淆秦始皇尸臭。一代天子在外面就这么臭了，大概率烂了，说不定生蛆，然后被收吧收吧捡起来，继续装作安然无恙。

众人经由直道回到咸阳，这才公布始皇的死讯。太子胡亥承袭帝位，成为二世皇帝。这就是我们平常说的“秦二世”。

这年九月，胡亥主持在郦山安葬了秦始皇（的骸骨）。当年秦始皇刚即位，就开凿郦山修建自己的陵墓。等到他兼并天下，从全国征发七十多万刑徒，挖地至三重泉水的深度，用铜汁灌地为外棺，陵墓内部宫室、官署、奇珍、异宝充斥其中。秦始皇还命令工匠制造机关弓弩，一但有人挖开陵墓接近墓室就会遭到射击。墓室里用水银做成江河湖海的样子，用机关使其相互灌注流通，上方有日月星辰，下方有山川景观。用人鱼的油脂做成蜡烛，以便可以点燃很长时间。整个陵墓奢华高防。

秦二世说：“先帝后宫中没有儿子的嫔妃，放出宫外不合适。”于是他下令让她们都为秦始皇殉葬，死去的人非常多。

下葬完毕，有人说工匠制造了机关，对里面所藏的珍宝很清楚，藏有珍宝的消息恐怕会泄漏出去。丧事办完以后，把珍宝封藏好以后，又下令把墓道的门关闭起来，把工匠和珍宝都关在里面，没有一个人逃出来。又在坟丘上种植草木，使其看上去像山丘一样。

为了秦始皇的安葬，死了不计其数的人。这里还有一个主动殉葬的公子高（秦始皇的儿子），秦二世赵高他们逼死公子扶苏以后，对其他的公子们也不会放过，公子高想过自己跑，跑不跑得了另说，自己的家小一定活不了。所以他主动申请殉葬，然后秦二世乐呵呵答应了，还赐给他十万钱厚葬，他这一族才在之后的大清洗中得以幸免。

秦二世皇帝元年，胡亥二十一岁。赵高担任郎中令，受重用执掌政事（秦二世的老师加铁杆支持者）。秦二世下诏书，增加秦始皇陵寝和宗庙用的牲畜数量，提高对名山大川的祭祀等级，让群臣议论尊崇秦始皇庙的方法。