由于赵南星曾受三党排挤，所以他的“四凶”论不免予人以借故报复的印象；同时援引东林被废诸人重登朝班，升迁亦似乎太快，这都是可议的地方。www.xiashucom.com

至于魏忠贤，起先对赵南星与众不同，这或许因为同是河北人的缘故，结果因赵南星的书生习气搞坏了关系，《明史本传》：

魏忠贤雅重之，尝于帝前称其任事。一日遣娣子傅应星介一中书贽见，南星麾之去。尝并坐弘政门选通政司参议，正色语忠贤曰：“主上冲龄，我辈内外臣子，宜各努力为善。”忠贤默然，怒形于色。

他对魏忠贤说的话自是正论，但魏忠贤不识字，哪里懂得这些道理？而况以魏忠贤的作风，又岂是大庭广众之间，片言可以使其愧悔改过的？所以赵南星的对牛弹琴，是“不可与言而与之言谓之失言”。明朝的宦官用事，由来已久，这种政治形态上的畸形存在，是一个不能不承认的现实，赵南星如果懂得政治艺术，正应该珍视魏忠贤对他的好感，设法规过私室，则必能有所匡正，那一来可能历史又是一种写法了。