第二，杨涟严劾魏忠贤，他跟魏大中说：“清君侧者必有内援，杨公有之乎？”杨涟没有，如有王安在，黄尊素就不会说这话。

第三，魏大中为细故劾魏广微，此是打草惊蛇。黄尊素劝魏，魏不听。

第四，东林内部有以地域分的派系，黄尊素尽力设法团结弥缝，而魏大中一意孤行，因而有汪文言之狱。

第五，汪文言之狱初起，由于黄尊素向刘侨进言，釜底抽薪，始得免于扩大，魏忠贤及阉党即因黄“多智虑”，必欲杀他。

第六，黄尊素曾准备以正德年间杨一清利用太监张永诛刘瑾这以毒攻毒的办法，策动李实杀魏忠贤，事不成被害。