第二是追杀狱卒叶咨、显文仲，因为黄尊素就是死在他们两个人手里的。

第三，原任苏州织造太监李实上疏自辩，说参劾黄尊素的原疏不是他自己所上，乃是他人冒用他的空白疏文；同时送黄宗羲三千两银子，希望他不要追究。黄宗羲立刻具疏奏报，说李实在今日之下犹敢行贿，则其所辩能否采信，不言可知。

等这个宪狱平反，黄宗羲率领被害诸家的子弟，在镇抚司狱门设祭，哭声竟达禁中，连思宗亦为之长叹说：“忠臣孤子，甚恻朕怀。”这些被害诸家的子弟，就是有名的所谓“东林孤儿”，学问事功，各有所显，也算是上苍垂怜孤忠之报。