倪元璐认为三案“经此二借”，面目全非，“故凡推慈归孝于先皇，正其颂德称功于义父”；换句话说，在阉党谈三案，东林是欺诬先皇、离间骨肉的罪人，而魏忠贤则是苦心调护宫廷、安定政局的功臣，于是打击东林乃为势所必然。www.maxreader.net但“网已密而犹疑有遗鳞，势已重而或忧成翻局”，阉党为了使东林永世不得超生，于是“创立私编，标题要典”，因为是奉旨所编的官文书，自具有法律上的作用，在当时，可据要典所认定的是非入东林于罪；在将来，万一有翻案的局面出现，则魏忠贤可恃钦定的要典为有力的证据，免去死罪。因此，倪元璐提出非常通达明快的结论和建议：

三案者，天下之公议；要典者，魏氏之私书，三案自三案，要典自要典也。今为金石不刊之论者，诚未深思。臣谓翻即纷嚣，改亦多事，唯有毁之而已。

思宗接纳了倪元璐的建议，降旨收集《三朝要典》成书以及原版，加以销毁。时为崇祯元年五月，魏忠贤死后半年。